真菌基因組精細圖是利用三代測序技術和生物信息學分析手段,對真菌的基因組進行高精度繪制,它能夠提供真菌基因組的詳細信息,包括基因的數量、位置、結構以及基因間的相互關系等諸多內容,在真菌分類學、功能基因研究中發揮關鍵作用。在制藥行業,許多真菌能夠產生具有藥用價值的次級代謝產物,精細圖可以幫助挖掘真菌基因組中與這些產物合成相關的基因簇,加速藥物研發進程。
產品特點
1、高準確性
采用二代+三代測序方案,進行高深度測序,能夠獲取大量的基因組序列信息,減少測序錯誤和序列拼接的間隙。結合先進的生物信息學算法進行基因組組裝和注釋,能夠準確識別基因的邊界、外顯子和內含子等結構,對于復雜的基因區域(如重復序列區域)也能進行精準解析。
2、高分辨率細節呈現
可以精細到單堿基分辨率,能夠清晰地展示基因內部的各種變異情況,如單核苷酸多態性(SNP)、插入缺失(InDel)等。不僅能夠確定基因的位置,還能詳細描繪基因上下游的調控區域,包括啟動子、增強子等元件的位置和序列信息,這對于研究基因表達調控機制至關重要。
樣品類型
· 最常見的是新鮮的真菌組織。例如,對于絲狀真菌,可以采集其菌絲體部分;對于酵母等單細胞真菌,則收集處于對數生長期的細胞。
· 也可以是經過妥善保存的真菌樣本,如在液氮中速凍保存的真菌組織,或者是在特定保存液(如含有甘油等保護劑的緩沖液)中保存的真菌樣本。
樣品量要求
· 對于新鮮組織,絲狀真菌一般需要至少100-200毫克的菌絲體,確保含有足夠的基因組DNA用于測序。單細胞真菌如酵母,細胞數量建議達到10?-10?個左右。
· 如果是保存的樣本,由于可能存在DNA降解等情況,樣本量可能需要適當增加,以保證能夠提取到足夠高質量的基因組DNA用于構建測序文庫。
樣品質量
· 樣品應盡量避免污染,特別是避免其他微生物(如細菌、其他真菌)的污染。在采集和處理樣品過程中,要嚴格遵守無菌操作規范。
· 對于保存的樣品,要確保其保存條件良好,沒有發生明顯的DNA降解??梢酝ㄟ^瓊脂糖凝膠電泳等方法對提取的基因組DNA進行質量檢測,觀察DNA條帶是否完整,沒有明顯的拖尾現象。
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