真菌染色體構象捕獲(Chromosome Conformation Capture,Hi-C)能夠幫助科學家在三維空間中解析真菌染色體的結構。其工作原理是基于交聯劑將空間上相互靠近的DNA片段固定,然后通過酶切、連接等一系列復雜的生物化學步驟,構建出能夠反映染色體三維結構的文庫。這些文庫可以通過高通量測序技術進行分析,從而獲得真菌染色體不同區域之間的相互作用信息。通過構建真菌染色體結構的進化圖譜,探索在真菌進化過程中染色體結構的變化規律,以及這些變化如何影響真菌的生物學特性,如致病性、環境適應性等。
產品特點
1、高分辨率:真菌HI - C能夠提供高分辨率的染色體三維結構信息。它可以精細地描繪出真菌染色體上不同基因位點之間的相互作用,精確到幾千個堿基對的級別。
2、全基因組覆蓋:該技術能夠覆蓋整個真菌基因組,研究人員可以全面了解基因組在三維空間中的組織方式,發現基因組中的遠程相互作用和染色體間的相互作用。
3、多維度信息整合:真菌HI - C的數據可以與其他多種組學數據進行整合。例如,結合基因表達數據、染色質修飾數據等,能夠構建出一個更加完整的真菌基因組功能圖譜。當把HI - C數據與基因表達數據整合時,可以分析染色體結構變化與基因表達水平變化之間的相關性。以在不同生長階段的真菌為例,通過整合這兩種數據,可以觀察到在菌絲生長和孢子形成階段,染色體結構的動態變化如何影響相關基因的表達,從而揭示真菌生長發育過程中的基因調控網絡。
單細胞真菌:顯微鏡下觀察酵母菌生長狀態,盡量收集生長期處于對數期的酵母菌;將適量體積的酵母菌液轉移至將2mL旋蓋尖底離心管中(無菌,無核酸酶),于室溫下14000×g 離心1min;棄盡培養基,將酵母細胞沉淀迅速置于液氮中冷凍3h以上,然后轉移至-80 °C長期保存。
大型真菌:從菌體上,取下生長旺盛的組織,用無菌水沖洗干凈,再使用 75%乙醇沖洗,用吸水紙吸干樣品表面;如果組織體積較大,應盡量將組織剪切成長寬高均≤0.5cm 的小塊;將處理好的組織樣本保存于2ml 或更大體積的旋蓋凍存管中或者用準備好的錫箔紙包裹組織
保存及運輸:樣本-80 °C或液氮中長期保存,干冰運輸。
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