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孟德爾隨機化分析

組學測序

孟德爾隨機化分析

分析目的

孟德爾隨機化(Mendelian randomization,簡稱MR)是一種基于遺傳變異的因果推斷方法。近年來,隨著生物學界發現了大量與特定性狀緊密相關的遺傳變異,加上許多大樣本全基因組關聯研究(GWAS)公開發布了數十萬個暴露和疾病與遺傳變異關系的匯總數據,這些匯總數據使得研究者能估計大樣本數據中的遺傳關聯,從而促進了MR研究發展。    

                                                                                               
數據來源

從GWAS中獲取、從已經發表的MR文章中獲取、R program提取等方法;挑出來研究和暴露相關的基因SNPs。


分析方法

利用SNPs、beta值、se值、pval,eaf、效應等位基因(effect allele)和對照基因(other allele)。確定工具SNPs從相關SNPs再中篩選出符合MR假設的工具SNPs。進行MR分析,用反向方差加權(IVW)方法進行分析,敏感性分析。
分析內容
(1)MR分析的結果
(2)行敏感性分析結果


分析結果示例圖

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