宏基因組(Metagenomics)是對特定環境中的整個微生物群落進行研究的方法。這項技術突破了傳統微生物分離和培養的技術限制,直接提取環境樣本DNA進行測序,研究環境微生物的群落 結構、物種分類、系統進化、基因功能及代謝網絡等。宏基因組測序技術在醫學、畜牧、農業、環境和生物能源等多個領域都有廣泛的應用。
產品特點
全面性:宏基因組測序能夠提供對樣本中微生物群落的全面分析,包括物種組成、基因功能和代謝通路等。
高通量:我們采用先進的測序平臺,選取較好組裝效果,充分挖掘環境樣品中的微生物菌群和功能基因,提供更深入的微生物群落分析。
技術多樣性:根據高通量測序平臺的不同,宏基因組測序可分為二代和三代技術。二代技術提供10G raw data,而三代技術提供3G raw data,根據不同的研究需求選擇合適的技術平臺。
準確性和分辨率:三代測序技術在保持長讀長的同時也兼顧了準確度,減少了拼接錯誤,提高了基因組組裝注釋的準確性和微生物群落鑒定的分辨率。
專業分析:我們擁有專業的生物信息團隊,可以滿足個性化的生物信息分析要求。
1、基本分析結果
1.1三代宏基因組組裝與矯正
1.2宏基因組組分分析(基因預測)
1.3非冗余基因集的構建(功能注釋分析)
1.4功能注釋分析(Nr、Go、KEGG、eggNOG、Pfam、SwissProt、CAZy、CARD、VFDB、PHI-base、CYPED)
2、功能多樣性分析
2.1功能基因組成及豐度分析Kegg功能基因組成分析eggNOG功能基因組成分析碳水化合物酶組成分析CARD功能基因組成分析
2.2功能基因的Beta多樣性分析功能基因的PCA分析功能基因的PCoA分析功能基因的NMDS功能基因的UPGMA功能基因的anosim功能基因的permanova
2.3功能基因的組間差異分析功能基因的組間差異參數檢驗功能基因的組間差異非參數檢驗功能基因的metagenomeSeq
2.4功能基因的關聯及相關性分析功能基因的相關性分析RDA/CCA(需要提供環境因子數據)
3、物種多樣性分析
3.1物種組成及豐度分析物種組成柱狀圖
3.2物種的Beta多樣性分析物種組成的PCA分析物種組成的PCoA分析物種組成的NMDS分析物種組成的UPGMA分析物種組成的anosim分析物種組成的permanova分析
3.3物種的組間差異分析物種組成的組間差異參數檢驗物種組成的組間差異非參數檢驗metagenomeSeq分析物種Lefse分析物種隨機森林分析
3.4關聯及相關性分析物種相關性分析RDA/CCA(需要提供環境因子數據)
結果展示
送樣建議
樣本類型 | 建議送樣量 | 最低送樣量 |
土壤/污泥/沉積物/腐殖質 | 2g | 1g |
水體濾膜(孔徑 0.22-0.45μm/直徑 3-4cm) | 3張 | 1張 |
空氣濾膜 | 3張 | 1張 |
拭子 | 5-6個 | 3個 |
瘤胃液/發酵液/組織液/沖洗液(離心有明顯沉淀) | 3-5mL,沉淀1g | 1mL,沉淀0.5g |
糞便/腸道內容物 | 2g(小鼠6-10粒) | 0.5g(小鼠3粒) |
動物/人組織 | 1g | 0.5g |
牛奶/酸奶 | 30mL/50g | 10mL/5g |
食糜 | 2g | 1g |
食品表面拭子 | 8個 | 5個 |
保存及運輸:樣本-80℃或液氮中長期保存,干冰運輸 |
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