【第二彈】趕緊收藏 | 必看的科研網(wǎng)站 不要錯過!
一、蛋白序列分析
1、信號肽預(yù)測:
信號肽預(yù)測網(wǎng)站是一個提供在線服務(wù)的平臺,用于分析和預(yù)測蛋白質(zhì)序列中的信號肽,幫助研究者了解蛋白質(zhì)的分泌途徑和定位機(jī)制
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
2、跨膜區(qū)預(yù)測:
跨膜區(qū)預(yù)測網(wǎng)站是一個專業(yè)的生物信息學(xué)工具平臺,提供在線分析服務(wù)以預(yù)測蛋白質(zhì)序列中的跨膜區(qū)域,幫助研究者了解蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能。
http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
3、結(jié)構(gòu)域預(yù)測:
結(jié)構(gòu)域預(yù)測網(wǎng)站是一個生物信息學(xué)分析平臺,專門用于預(yù)測蛋白質(zhì)序列中的結(jié)構(gòu)域,為研究蛋白質(zhì)功能和結(jié)構(gòu)提供科學(xué)依據(jù)。
http://smart.embl-heidelberg.de/
4、蛋白性質(zhì)預(yù)測:
蛋白性質(zhì)預(yù)測網(wǎng)站是一個生物信息學(xué)工具平臺,提供在線服務(wù)以預(yù)測蛋白質(zhì)的物理化學(xué)性質(zhì),如分子量、等電點、疏水性等,輔助科研人員進(jìn)行蛋白質(zhì)特性分析。
http://web.expasy.org/protparam/
5、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測:
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測網(wǎng)站是一個綜合性生物信息學(xué)平臺,提供蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)建模、功能分析和相關(guān)性質(zhì)預(yù)測,助力科研人員深入理解蛋白質(zhì)的生物學(xué)特性。
http://biotools.nubic.northwestern.edu/proteincalc.html
6、二級結(jié)構(gòu)預(yù)測:
二級結(jié)構(gòu)預(yù)測網(wǎng)站是一個專業(yè)的生物信息學(xué)工具,它提供在線服務(wù)以預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu),幫助科學(xué)家分析蛋白質(zhì)的折疊模式和功能特性
http://raptorx.uchicago.edu/
7、評估結(jié)構(gòu)預(yù)測的準(zhǔn)確性和可靠性:
評估結(jié)構(gòu)預(yù)測的準(zhǔn)確性和可靠性的網(wǎng)站通常是一個生物信息學(xué)平臺,提供工具和資源來驗證蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測模型的科學(xué)性和實用性。
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
8、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測:
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測網(wǎng)站是一個生物信息學(xué)資源,利用計算模型和算法預(yù)測蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)、功能以及相關(guān)特性,為生物學(xué)研究和藥物設(shè)計提供科學(xué)依據(jù)
https://www.cameo3d.org/
9、三維結(jié)構(gòu)比對:
三維結(jié)構(gòu)比對網(wǎng)站是一個專業(yè)的生物信息學(xué)工具,提供在線服務(wù)以比較和分析蛋白質(zhì)或核酸的三維結(jié)構(gòu),幫助研究者理解分子間的相似性和差異性
https://open.predictprotein.org/
10、同源建模:
同源建模網(wǎng)站是一個生物信息學(xué)平臺,提供基于已知蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的序列同源性分析,預(yù)測未知蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)模型
https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
11、預(yù)測蛋白相互作用:
預(yù)測蛋白相互作用的網(wǎng)站是一個生物信息學(xué)工具平臺,利用計算方法預(yù)測蛋白質(zhì)之間的潛在相互作用關(guān)系,幫助科研人員理解生物分子網(wǎng)絡(luò)
https://string-db.org/
12、Pfam數(shù)據(jù)庫是蛋白質(zhì)家族的集合(根據(jù)結(jié)構(gòu)域分類):
Pfam數(shù)據(jù)庫是一個權(quán)威的蛋白質(zhì)家族資源,提供基于結(jié)構(gòu)域的分類和注釋,幫助研究者識別和分析蛋白質(zhì)家族的功能和進(jìn)化關(guān)系
http://pfam.xfam.org/
二、新藥研發(fā)常用數(shù)據(jù)庫及網(wǎng)站
1、Chemical Index Database:
化學(xué)物質(zhì)索引數(shù)據(jù)庫
www.drugfuture.com/chemdata/index.aspx
2、Inactive Ingredient Search for Approved Drug Products:
美國FDA批準(zhǔn)藥物非活性成分?jǐn)?shù)據(jù)
www.drugfuture.com/fda/IIG_query.aspx
3、U.S. FDA Drugs Database:
美國FDA藥品數(shù)據(jù)庫
https://www.drugfuture.com/fda/
4、Chinese Marketed Drugs Database:
中國藥品注冊數(shù)據(jù)庫
www.drugfuture.com/cndrug/
5、Chemical Toxicity Database:
化學(xué)物質(zhì)毒性數(shù)據(jù)庫
www.drugfuture.com/toxic/
6、Drugbank:
藥物綜合數(shù)據(jù)庫
https://go.drugbank.com/
7、Medpeer藥學(xué)中心:
Medpeer藥學(xué)中心是一個專業(yè)的藥學(xué)信息平臺,提供藥物知識、研究數(shù)據(jù)和藥學(xué)服務(wù),旨在促進(jìn)醫(yī)學(xué)專業(yè)人士的學(xué)術(shù)交流和臨床決策
http://pharmacy.medpeer.cn/
8、美國FDA批準(zhǔn)藥物非活性成分?jǐn)?shù)據(jù)庫:
美國FDA批準(zhǔn)藥物非活性成分?jǐn)?shù)據(jù)庫是一個提供FDA上市產(chǎn)品中包含的輔料信息數(shù)據(jù)的資源,支持模糊查詢,檢索結(jié)果包括非活性成分名稱、給藥途徑、劑型、CAS登記號、美國藥典/FDA物質(zhì)登記系統(tǒng)標(biāo)識碼以及處方中輔料使用量,為藥物研究提供輔料的安全用量的事實性數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)更新與FDA同步
https://www.drugfuture.com/fda/IIG_query.aspx
9、FDA藥品注冊法規(guī):
美國FDA藥品注冊法規(guī)網(wǎng)站提供了全面的新藥注冊解讀,包括臨床前研究、新藥臨床試驗申請(IND)、藥品上市許可申請(NDA)等流程,以及相關(guān)的藥品注冊管理辦法和規(guī)定,確保藥品的安全性、有效性和質(zhì)量可控性
https://www.registrarcorp.com/
10、藥用輔料手冊:
藥用輔料手冊網(wǎng)站是一個提供藥用輔料詳細(xì)信息和使用指南的資源平臺,幫助制藥專業(yè)人士了解和選擇合適的輔料以確保藥品的安全性和有效性
https://www.drugfuture.com/excipients/browser.html
11、藥品標(biāo)準(zhǔn)查詢數(shù)據(jù)庫:
藥品標(biāo)準(zhǔn)查詢數(shù)據(jù)庫是一個提供藥品標(biāo)準(zhǔn)信息的在線平臺,允許用戶檢索和獲取藥品的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)、成分和生產(chǎn)規(guī)范等詳細(xì)資料
https://www.drugfuture.com/standard/index.html
12、ICH指南:
國際人用藥品注冊技術(shù)協(xié)調(diào)會
https://www.ich.org/
13、美國藥典在線:
ICH指南網(wǎng)站是一個國際性平臺,提供國際協(xié)調(diào)會議(International Council for Harmonisation of Technical Requirements for Pharmaceuticals for Human Use,簡稱ICH)制定的關(guān)于藥品質(zhì)量、安全性和有效性評價的統(tǒng)一技術(shù)指南,旨在促進(jìn)全球藥品注冊的協(xié)調(diào)與一致性
https://www.drugfuture.com/Pharmacopoeia/usp32/
14、美國藥典委員會USP:
美國藥典委員會USP網(wǎng)站是一個權(quán)威的藥典資源平臺,提供關(guān)于藥品質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)、鑒定方法和相關(guān)信息的詳細(xì)指南,其出版的《美國藥典/國家處方集》(USP/NF)是藥品生產(chǎn)、使用、管理、檢驗的法律和技術(shù)依據(jù)
https://www.usp.org/
15、歐洲藥典委員會EDQM:
歐洲藥典委員會EDQM網(wǎng)站是提供歐洲藥典(European Pharmacopoeia)的官方資源,包括藥品質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)、測試方法和指南,是歐洲藥品監(jiān)管和質(zhì)量控制的權(quán)威參考
https://www.edqm.eu/en/home
16、國家藥典委員會:
國家藥典委員會網(wǎng)站是中國藥品標(biāo)準(zhǔn)制定和發(fā)布的官方平臺,提供中國藥典(ChP)的詳細(xì)信息、藥品質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)和相關(guān)法規(guī),是藥品研發(fā)、生產(chǎn)和監(jiān)管的重要參考
https://www.chp.org.cn/
17、美國藥品監(jiān)督管理局FDA:
美國食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)網(wǎng)站是提供藥品、食品、化妝品等產(chǎn)品監(jiān)管信息的官方平臺,確保其安全性、有效性和質(zhì)量合規(guī),保護(hù)公眾健康
https://www.fda.gov/
18、歐洲藥品監(jiān)督管理局EMA:
歐洲藥品監(jiān)督管理局(EMA)網(wǎng)站是一個提供藥品監(jiān)管信息、指南和資源的官方平臺,致力于評估、監(jiān)督和保護(hù)歐盟內(nèi)藥品的質(zhì)量和安全性
https://www.ema.europa.eu/en
19、國家藥品監(jiān)督管理局NMPA:
國家藥品監(jiān)督管理局(NMPA)網(wǎng)站是中國藥品監(jiān)管的官方平臺,提供藥品、醫(yī)療器械、化妝品的監(jiān)管政策、法規(guī)、安全信息以及相關(guān)服務(wù),確保公眾用藥安全有效
https://www.nmpa.gov.cn/
20、中華試劑網(wǎng):
中華試劑網(wǎng)是一個提供化學(xué)試劑、生物試劑及相關(guān)實驗耗材的在線采購平臺,致力于滿足科研和工業(yè)領(lǐng)域的實驗需求
http://www.labgogo.com/
21、國家藥品監(jiān)督管理局藥品審評中心CDE:
國家藥品監(jiān)督管理局藥品審評中心(CDE)網(wǎng)站是中國藥品技術(shù)審評的官方平臺,負(fù)責(zé)藥品注冊申請的審評工作,提供審評指南、政策法規(guī)和審評進(jìn)度查詢等服務(wù),確保藥品的安全性、有效性和質(zhì)量可控
https://www.cde.org.cn/
22、Handbook of Pharmaceutical Excipients:
藥用輔料手冊
www.drugfuture.com/excipients
三、蛋白質(zhì)及核酸序列
搜索/處理工具
1、NCBI Blast:
比對查找核酸或蛋白質(zhì)序列
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cg
2、Clustal Omega:
在線多序列比對工具
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
3、Primerbank:
查詢?nèi)撕托∈蟮膓RT-PCR引物
https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
4、CHOPCHOP:
sgRNA序列設(shè)計
http://chopchop.cbu.uib.no/
5、CRISPick:
sgRNA序列設(shè)計網(wǎng)站
https://portals.broadinstitute.org/gppx/crispick/public
6、GFP portal:
shRNA序列查詢網(wǎng)站
https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/gene/search,
7、Addgene:
最全的質(zhì)粒序列庫
https://www.addgene.org/
8、Snapgene Plasmids:
收錄大量的標(biāo)準(zhǔn)化、商業(yè)化質(zhì)粒序列
https://www.snapgene.com/resources/plasmid-files/
四、在線計算
1、chemcalc:
ChemCalc是一個在線化學(xué)計算工具網(wǎng)站,提供化學(xué)方程式平衡、溶液濃度計算等功能,幫助用戶進(jìn)行化學(xué)相關(guān)的數(shù)值分析和數(shù)據(jù)處理
https://www.chemcalc.org/?mf=RuClH(CO)(PPh3)3&isograph=on
2、NCBI (National Center for Biotechnology Information):
提供生物信息學(xué)和生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的數(shù)據(jù)庫和工具,此外還包括PubMed、GenBank等,都是咱們科研人必備呢
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
3、Ensembl:
提供基因組注釋、基因定位、序列比對等生物信息學(xué)數(shù)據(jù)和工具
http://ensemblgenomes.or
4、UCSC Genome Browser:
提供廣泛的基因組數(shù)據(jù)、注釋信息和工具,用于基因組瀏覽與分析
http://genome.ucsc.edu/
5、Expasy:
提供生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫和工具,涵蓋蛋白質(zhì)序列分析、結(jié)構(gòu)預(yù)測、蛋白質(zhì)功能預(yù)測等
https://www.expasy.org/
6、STRING:
提供蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)和功能注釋信息,用于蛋白質(zhì)互作預(yù)測和功能研究
https://cn.string-db.org/
7、DAVID Bioinformatics Resources:
提供基因功能注釋、通路分析、蛋白質(zhì)互作等生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析工具
https://david.ncifcrf.gov/home.jsp
8、Bioconductor:
提供用于R編程語言的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析工具和軟件包
http://master.bioconductor.org/
9、GeneCards:
提供人類基因的綜合信息和注釋數(shù)據(jù)庫,用于基因的功能和表達(dá)分析
https://www.genecards.org
10、Pfam:
提供蛋白質(zhì)家族數(shù)據(jù)庫,用于蛋白質(zhì)序列分析和功能預(yù)測
https://pfam.my/
11、EMBL-EBI:
歐洲生物信息研究所提供的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)資源和工具,包括EMBL數(shù)據(jù)庫、ENA數(shù)據(jù)庫等
https://www.ebi.ac.uk/
五、基因表達(dá)
分析工具/網(wǎng)站
1、GEPIA:
基因表達(dá)分析平臺。
http://gepia.cancer-pku.cn/
2、Kaplan-Meier:
基于基因表達(dá)量的生存分析。
https://kmplot.com/analy
3、R2:
基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫。
https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi
六、PDF格式轉(zhuǎn)化
1、wondershare:
Wondershare是一個提供多媒體編輯軟件和在線服務(wù)的公司,專注于幫助用戶輕松創(chuàng)建、編輯和分享視頻、音頻和圖片內(nèi)容
https://www.hipdf.com/
2、CleverPDF:
CleverPDF是一個在線PDF工具網(wǎng)站,提供快速、簡便的PDF轉(zhuǎn)換、編輯和壓縮服務(wù),幫助用戶高效地處理PDF文檔
https://www.cleverpdf.com/cn
3、I LOVE PDF:
是一個提供全面PDF處理功能的在線平臺,允許用戶免費(fèi)轉(zhuǎn)換、編輯、合并和分割PDF文件,以及進(jìn)行其他PDF相關(guān)操作
https://www.ilovepdf.com/zh-cn
4、ALL TO ALL在線格式轉(zhuǎn)換:
ALL TO ALL是一個多功能的在線格式轉(zhuǎn)換平臺,支持多種文件格式之間的互轉(zhuǎn),使用戶能夠輕松轉(zhuǎn)換文檔、圖片、視頻和音頻文件
https://www.alltoall.net/
七、專利查詢類
1、國家知識產(chǎn)權(quán)局:
國家知識產(chǎn)權(quán)局網(wǎng)站是中國政府官方平臺,提供知識產(chǎn)權(quán)相關(guān)的法律法規(guī)、政策資訊、專利檢索和申請服務(wù),致力于保護(hù)和促進(jìn)創(chuàng)新成果
https://www.cnipa.gov.cn/
2、中國專利下載:
中國專利下載網(wǎng)站是一個提供專利文獻(xiàn)檢索、下載和相關(guān)信息服務(wù)的平臺,方便用戶獲取中國專利的詳細(xì)信息和文檔
https://www.drugfuture.com/cnpat/cn_patent.asp
3、專利在線:
專利在線網(wǎng)站是一個提供專利檢索、分析和下載服務(wù)的平臺,旨在幫助用戶快速訪問和管理專利信息
https://www.patent9.com/
八、分子克隆
1、引物Tm值計算:
引物Tm值計算網(wǎng)站是一個在線工具,用于預(yù)測DNA或RNA引物的熔解溫 度(Tm),幫助科研人員設(shè)計實驗中使用的PCR引物,確保實驗的準(zhǔn)確性和效率
http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html
2、密碼子優(yōu)化:
密碼子優(yōu)化網(wǎng)站提供在線服務(wù),幫助科研人員根據(jù)目標(biāo)生物體的密碼子使用偏好優(yōu)化基因序列,以提高外源基因在宿主細(xì)胞中的表達(dá)效率
https://sg.idtdna.com/CodonOpt
3、質(zhì)粒圖譜分析:
質(zhì)粒圖譜分析網(wǎng)站是一個在線工具平臺,提供質(zhì)粒DNA的可視化編輯、分析和設(shè)計功能,幫助科研人員構(gòu)建和優(yōu)化遺傳載體
http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/
4、啟動子信息:
啟動子信息網(wǎng)站是一個生物信息學(xué)資源,提供關(guān)于基因啟動子區(qū)域的詳細(xì)信息和分析工具,幫助科研人員理解基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制
https://blog.addgene.org/plasmids-101-the-promoter-region
5、addgene(一個質(zhì)粒數(shù)據(jù)庫):
Addgene是一個非營利性的質(zhì)粒共享平臺,提供科研人員用于基因克隆、表達(dá)和RNA干擾等多種生物學(xué)研究的質(zhì)粒資源,支持全球科學(xué)社區(qū)的實驗需求
http://www.addgene.org/vector-database/
6、NEB 內(nèi)切酶buffer推薦:
NEB(New England Biolabs)網(wǎng)站提供內(nèi)切酶及其相應(yīng)的緩沖液推薦信息,幫助科研人員選擇合適的酶和buffer系統(tǒng)進(jìn)行分子生物學(xué)實驗
九、蛋白表達(dá)與純化
1、蛋白表達(dá)菌株信息:
蛋白表達(dá)菌株信息網(wǎng)站是一個生物技術(shù)資源平臺,提供各種用于蛋白表達(dá)的細(xì)菌、酵母和哺乳動物細(xì)胞菌株的詳細(xì)信息,幫助科研人員選擇最適合其研究目的的表達(dá)系統(tǒng)
http://wolfson.huji.ac.il/expression/bac-strains-prot-exp.html
2、蛋白純化:
蛋白純化網(wǎng)站通常提供蛋白質(zhì)分離和純化的方法、技術(shù)指南和相關(guān)產(chǎn)品信息,幫助科研人員優(yōu)化實驗流程以獲得高純度的蛋白質(zhì)樣品
http://wolfson.huji.ac.il/purification/Purification_Protocols.html
十、AI大語言模型
資源網(wǎng)站
1、Globe explorer:
Globe explorer基于LLMs等大型語言模型,根據(jù)輸入的關(guān)鍵詞或提問,利用AI篩選結(jié)果,構(gòu)建出一個目標(biāo)信息有關(guān)的知識圖譜,以思維導(dǎo)圖的形式進(jìn)行呈現(xiàn)。我們可以免費(fèi)/無注冊地使用GPT-3.5和Haiku的版本進(jìn)行圖譜構(gòu)建
https://explorer.globe.engineer/
2、Pi:
Pi是一個為公眾號提供內(nèi)容管理和互動工具的平臺,旨在增強(qiáng)用戶參與度和提升內(nèi)容表現(xiàn)力
https://pi.ai/onboarding
3、Kimi:
KIMI是一個多功能的人工智能助手,專為公眾號提供智能內(nèi)容創(chuàng)作、管理和用戶互動服務(wù),以提升用戶體驗和運(yùn)營效率
http://kimi.moonshot.cn
十一、實驗方案類
1、call for lab-tested protocols:
"Call for Lab-Tested Protocols" 網(wǎng)站是一個平臺,致力于征集和分享經(jīng)過實驗室測試驗證的科學(xué)協(xié)議和方法,以促進(jìn)科研交流和技術(shù)創(chuàng)新。
https://star-protocols.cell.com/search