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單細胞組學生信分析

組學測序

單細胞組學生信分析

分析目的

基于客戶關注的科學問題或者我們通過文獻調研、公共數據調研,確認研究方向,通過這些已發布的不同小鼠模型和人類組織的單細胞測序數據集,挖掘數據亮點,分析一整套數據,揭示細胞異質性、發現新的亞型、研究細胞發育和分化過程、探索細胞類型和功能。

數據來源

TCGA,GEO等公共數據庫。

分析方法

(1)對該數據進行了細胞類群鑒定及注釋,比較了不同分組各細胞類群相對比例變化;(2)基于特別關注的細胞類群,比如巨噬/單核細胞對其劃分細胞亞群,分析樣本中不同亞群的細胞比例及基因變化,獲得了共同發生顯著差異的基因。(3)接著針對巨噬/單核細胞亞群進行了轉錄因子調控網絡分析,分析三種模型共同變化的轉錄因子。(4)對樣本單細胞數據中巨噬/單核細胞進行亞群分析,差異基因與小鼠模型做比較,獲得在樣本中發生顯著調控的基因。

分析內容

3-5張主圖,4-5張附圖,包括:細胞類群鑒定、細胞亞群細分、亞群間的基因差異表達分析、差異表達基因蛋白互作分析、亞群擬時軌跡分析、細胞通訊分析、免疫浸潤分析、差異基因疾病數據庫注釋、預后模型構建。

分析結果示例圖


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