Hi-C測序即高通量染色體構象捕獲技術測序,是一種用于研究全基因組范圍內染色質DNA在空間位置上的關系,進而獲得高分辨率染色質三維結構的技術,通過甲醛交聯使染色質內的DNA與蛋白質之間、DNA與DNA之間的相互作用固定,然后用限制酶切割染色質,使DNA片段化,接著在稀釋條件下將末端連接,形成包含不同基因組位點相互作用信息的嵌合DNA分子,再經過純化構建文庫,最后利用高通量測序技術對文庫進行測序,并結合生物信息分析方法,將測序得到的讀長定位到基因組上,構建出全基因組范圍內的染色質相互作用圖譜,從而揭示染色體的三維結構以及基因在細胞核內的空間組織和調控關系。
全面性:Hi-C測序能夠在全基因組范圍內捕獲染色質DNA的相互作用,提供整個基因組的三維結構信息,而不是局限于特定的基因或區域,有助于全面了解基因組的空間組織和基因調控網絡。
高分辨率:隨著技術的不斷發展和改進,Hi-C測序的分辨率不斷提高,可以檢測到更精細的染色質結構和相互作用,如拓撲相關結構域(TADs)、染色質環等,能夠深入解析基因與基因之間、基因與調控元件之間的空間關系,為研究基因調控機制提供更準確的信息。
多維度信息整合:Hi-C數據可以與其他組學數據,如轉錄組數據、Chip-seq數據等進行整合分析,從而更全面地闡述生物體性狀形成的相關機制。例如,結合轉錄組數據可以研究染色質三維結構對基因表達的影響,整合Chip-seq數據可以探究蛋白質結合與染色質構象變化之間的關聯。
環境樣品 | 送樣要求(濃度≥20ng/ul,總量≥3ug ) | 保存及運輸 |
單細胞真菌 | 顯微鏡下觀察酵母菌生長狀態,盡量收集生長期處于對數期的酵母菌;將適量體積的酵母菌液轉移至將2mL旋蓋尖底離心管中(無菌,無核酸酶),于室溫下14000×g 離心1min;棄盡培養基,將酵母細胞沉淀迅速置于液氮中冷凍3h以上,然后轉移至-80 °C長期保存 | 樣本-80 °C或液氮中長期保存,干冰運輸 |
大型真菌 | 從菌體上,取下生長旺盛的組織,用無菌水沖洗干凈,再使用 75%乙醇沖洗,用吸水紙吸干樣品表面;如果組織體積較大,應盡量將組織剪切成長寬高均≤0.5cm 的小塊;將處理好的組織樣本保存于2ml 或更大體積的旋蓋凍存管中或者用準備好的錫箔紙包裹組織 |
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